我国滨海湿地退化的主要原因，既包括了气候变化、海洋灾害等自然过程为主导的因素，也包括了海岸带围垦、海岸工程建筑、生物资源过度利用、环境污染等人为作用为主的因素。
气候变化
全球气候变化主要表现为变暖。气候变暖影响滨海湿地的生态过程，从而改变滨海湿地的结构和功能。长远来看，全球变暖将显著影响各种湿地的分布与演化。气候变暖导致的降水量区域变化，会引起河流水量及其携沙量的变化，对滨海湿地的稳定和生态功能的发挥产生重大影响。黄河断流是一个典型实例。20 世纪70 年代之后黄河入海水量减少以至断流对黄河三角洲滨海湿地的影响非常深远。全球变暖引起的海面上升，会导致滨海湿地向陆域方向退缩，虽然沿岸堤坝等海防设施会限制这种趋势，但部分滨海湿地仍将因此而消失。海面上升也会增加其他海洋灾害发生的几率和强度，而直接威胁滨海湿地的生境和演化。全球变暖可能改变整个海洋生态结构，使海岸带物质和能量重新分配，滨海湿地的生态结构和生物体系的变化将不可避免，而特别作为鸟类栖息地的重要区域也必将受到影响，或减少以至消失。
海洋灾害
海洋灾害主要包括海岸侵蚀、风暴潮、海水入侵等，它们是导致滨海湿地退化的重要原因。海岸侵蚀一方面使岸线后退，滩面下蚀，陆域环境向海域转变，直接导致湿地面积损失，同时，其植被出现逆向演替，或死亡消失；另一方面，海岸侵蚀破坏沉积基础，改变环境营养状况，使滨海湿地生态结构和功能受到损害。风暴潮巨大的破坏力能迅速改变海岸地带地貌形态，不仅导致岸线迅速后退，也使滩面遭受冲刷，造成滩面形态破碎化。如1997 年8 月20日，黄河三角洲遭受特大风暴潮侵袭时，在滨海区域经多年营造的总面积达18 万亩的全国最大的人工刺槐林和白杨林被全部摧毁，昔日林海顿时变成了荒原。海水入侵能恶化滨海湿地水环境，造成滨海湿地生态环境整体恶化；风暴潮灾往往扩大海水入侵的范围，加剧海水入侵的危害。莱州湾沿岸是我国海水入侵较为严重的地区之一，这与该区频繁的风暴潮灾害有着直接的关系。
海岸带围垦
海岸带区域的围垦是造成滨海湿地损失退化的重要人为因素。一方面，全海岸带的各种大规模围垦，都会直接导致天然滨海湿地大量丧失；另一方面，未被围垦的滨海湿地区域也会因围垦区的生产活动而受到影响。沿海经济的持续增温，用地矛盾似乎只能通过围垦或填海来解决，特别是沿海一些大型经济区域的建设。这种发展更多考虑了经济的需要，往往忽视环境的保护，其对滨海湿地的影响是巨大的。在目前形势下，海岸带的围填海活动还将会是一个持续不断的过程，其对滨海湿地的影响也将会是持续的。
海岸工程建筑
海岸工程建筑包括港口设施、堤防建筑、跨海通道等。海岸工程的实施会显著影响滨海湿地的沉积特征、地貌形态、水文动态、生态结构等方面，导致滨海湿地面积减少、生境破碎、环境恶化、资源过载、物种入侵等一系列问题，增加了滨海湿地生态环境的脆弱性。如建造防潮堤会破坏潮间带湿地的陆地营养物质输入过程，中断湿地生物陆地食物来源；能改变潮间带水动力状况，使高潮期潮间带水深增大，冲刷下蚀加剧，半咸水环境也渐变为咸水环境，原有生物会因不适应而死亡，滨海湿地生物多样性下降，湿地功能受到损害。
资源的过度利用
在我国重要经济海域，酷渔滥捕现象严重，生物资源衰竭现象明显，这与认识水平和管理制度有关，主要表现为：缺乏资源合理利用数量的认识，捕捞强度远超资源最大可持续利用量；渔业资源产权模糊，“公有地悲剧”现象突出；作业方式不合理，捕捞过程赶尽杀绝；管理不善，打击不力，非法捕捞猖獗。为此，国家不得不采取“休渔”制度，但已形成的资源现状令人担忧。沿海及周边地区经济的高速发展，刺激了海沙等基建材料的需求，浅海挖沙现象普遍。浅海挖沙破坏海床，破坏底栖生物栖息环境，也使该海域生态环境受到严重破坏。滨海矿产资源，包括海上油气资源的开采，对滨海湿地环境的破坏和潜在威胁也始终存在。
环境污染
污染是当前环境损害和生境丧失的主要原因之一。滨海湿地是陆源污染最直接的承泻区和转移区，污染源主要是工农业生产、生活和沿岸养殖业所产生的污水。污染破坏原有生境，摧毁生物栖息地，使湿地系统生产力下降。污染物也能直接毒害湿地生物，而生物通过富集效应会最终以食物形式将毒物传递到人类。大量污染物的聚集，也可能诱发环境灾难，如营养盐类污染物的输入会导致富营养化的发生，在沿岸可能诱发赤潮等灾害。中国近海区域污染十分严重，而陆源污染物的输入是最重要的原因。2011 年《中国海洋环境状况公报》显示，入海排污口邻近海域环境质量状况总体未见改善，部分环境质量较差。
2006-2011 年，历年均有60 %以上的排污口邻近海域水质等级为第四类或劣于第四类，主要污染物是无机氮和活性磷酸盐；排污口邻近海域沉积物污染状况总体呈加重趋势，沉积物质量等级为第三类和劣于第三类的比例增大，沉积物质量等级为第一类的比例减小，主要污染物为石油类和重金属。
制度体制不健全
湿地的管理虽然归口在林业部，湿地国际履约机构就设置在该部门，但涉及湿地管理的部门还包括了农业、水利、国土、环保、海洋等国家部门，还有相关的地方单位，它们之间对湿地管理的权限不清，而且缺乏管理的协调机制，湿地的利用和保护很难有效实施。在实际利用中，湿地资源虽属国家所有，但由于具体使用者的差异使得不同利益主体之间为了获得自身利益，而对滨海湿地这种公共资源进行围抢滥用，其结果自然是不断地被占用、损毁、以至丧失。因管理不善导致滨海湿地资源破坏而产生退化是非常普遍的。就以自然保护区而言，它是针对具体资源行使保护职能的直接主管机构，自然保护区的建立能够在很大程度上限制资源的任意开发和滥用，但由于土地产权及管理职能等问题，以及与地方有关部门的利益冲突，自然保护区时常并不能完全有效地行使自己的职能。